L’Accademia nasce come associazione nel 1975, per volontà dell’organista pistoiese Umberto Pineschi. Nel 1984 si trasforma in fondazione, sostenuta dal Comune di Pistoia, dalla Provincia di Pistoia e dalla locale Cassa di Risparmio, che riconoscono nell’Accademia lo strumento per salvaguardare e valorizzare il ricco patrimonio di organi storici presente sul territorio: a Pistoia infatti, dal 1700 ai primi decenni del 1900, operano due famiglie di artigiani organari, gli Agati e i Tronci, che fabbricano organi a trasmissione meccanica. La qualità dei loro strumenti dà luogo alla nascita di una scuola organaria pistoiese, che si fa conoscere in molti paesi d’Europa e d’oltre oceano. A Pistoia quasi tutte le chiese si dotano di un organo Agati o Tronci (le due famiglie si fonderanno in un’unica ditta alla fine dell’800).

L’Accademia d’Organo si propone di mantenere viva questa tradizione, attraverso iniziative, concerti, corsi, pubblicazioni, lezioni che si occupano di organi storici e della letteratura musicale ad essi dedicata. L’Accademia ha inoltre un ramo giapponese a Shirakawa (Gifu), dove organizza annualmente un corso di interpretazione di musica organistica; Pistoia è gemellata con la città giapponese per questo comune interesse musicale: per lo stesso motivo ha ricevuto la visita dell’Imperatore e dell’Imperatrice del Giappone. Dal 1996 cura per conto della Regione Toscana il progetto “Valorizzazione organi storici” che prevede la schedatura di tutti gli organi storici presenti nel territorio regionale Dal 1984 al 2001 è stato Direttore Artistico della Fondazione il M.o Umberto Pineschi, carica ora ricoperta dal M.o Mariella Mochi.